Quanto à finalidade do batismo que fazia, João afirmava: "Eu, na verdade, vos batizo com água para vos trazer à penitência; mas aquele que vem após mim é mais poderoso do que eu, cujas alparcas não sou digno de levar; ele vos batizará com o Espírito Santo e com fogo". (Mt. cap. 3 vs. 11)
E o evangelista Marcos confirmou essa finalidade do batismo de João, afirmando: "Apareceu João, batizando no deserto e pregando o batismo do arrependimento, para remissão dos pecados". (cap. 1 vs. 4)
O batismo de água era, pois, uma prática simbólica, em que a pessoa dava um testemunho público de arrependimento e propósito de corrigir-se, ficando, então, 'lavada' de seus pecados.
Exatamente por simbolizar o batismo de água o arrependimento de pecados, João só o aplicava em adultos, que tinham de que se arrepender e podiam analisar o certo e o errado para se arrependerem.
E João mostrava que não adiantava o batismo de água nas pessoas que não estivessem arrependidas, como no caso de muitos fariseus e dos saduceus, que foram até ele para que os batizasse mas a quem admoestou: "Raça de víboras, quem vos ensinou a fugir da ira futura? Produzi, pois, frutos dignos de arrependimento". (Mt. 3 vs. 7-8).